신경 쓰이는 잡다한 이야기

ChatGPT 에게 전문 지식에 대해 물어볼 때 조심해야 할 점: 가짜 정보를 마치 사실인 것처럼 이야기한다는 점이다.

우선, synaptic pruning이라는 신경생물학 이론에 대해 설명하는 아래 글에 나오는 Dr. Beatrice Golgi는 현실에 존재하지 않는 연구자다. 그리고 신경계에서의 'synaptic pruning (시냅스 가지치기)' 이론은 1990년대에 Dr. Golgi가 아니라 1979년 Peter Huttenlocher에 의해 최초로 나온 이론이다. 

(논문: https://doi.org/10.1016/0006-8993(79)90349-4 / 리뷰: https://doi.org/10.1073/pnas.2010281117)

• A study by El-Agnaf et al. (2006) looked at the effects of an anti-amyloid beta antibody in a mouse model of Alzheimer's disease. They found that treatment with the antibody led to a significant increase in blood levels of amyloid beta.
• A study by Boutajangout et al. (2016) examined the effects of an anti-alpha-synuclein antibody in a mouse model of Parkinson's disease. They found that treatment with the antibody led to a significant increase in blood levels of alpha-synuclein.

• A study by Kim et al. (2018) investigated the effects of an anti-Tau antibody in a mouse model of tauopathy. They found that treatment with the antibody led to a significant increase in blood levels of Tau.

References:
• El-Agnaf OM, Salem SA, Ali MA, et al. Antibodies to beta-amyloid peptide reduce beta-amyloid peptide levels in brain and blood of transgenic mice. J Neurosci. 2006;26(35):8989–8995. doi:10.1523/JNEUROSCI.1591-06.2006
• Boutajangout A, Bousset L, Melki R. Alpha-synuclein antibodies increase blood alpha-synuclein levels in a mouse model of Parkinson disease. Neurobiol Dis. 2016;93:139–145. doi:10.1016/j.nbd.2016.04.006
• Kim J, Lee J, Kim J, et al. Passive immunization with anti-tau antibody reduces tau accumulation and neurodegeneration in a mouse model of tauopathy. Sci Rep. 2018;8(1):10261. Published 2018 Jul 20. doi:10.1038/s41598-018-28489-y

지방의 모 국립대 의과대학 연구교수시절, 외국인 학생과의 에피소드.

2018년 4월 8일  · 
연구실 합류하자마자 1년 반쯤 된 유학생 PhD 학생 하나랑 팀 짜서 그 학생 지도하던 이전 연구교수 일을 인수인계 받으라길래 플젝 써머리 브리핑을 받으려는데, 말하는게 정리가 하나도 안 돼 있고 중구난방에 일도 매주 삽질만 반복해서 약간의 꼰대질(...) 시전함.

1. Please write me a short introduction of your project (ideally 2-3 pages except references & except pictures; do not go over 5 pages), written in sentences and paragraphs & properly referenced bibliography(you can practice how to use Mendeley or EndNote with this). Adding brief graphics would also be beneficial, but not required.

Please include: (1) what is known & what is yet unknown, (2) therefore what is your hypothesis about the ‘what is unknown,’ and (3) the specific subjects of what you want to show to test the hypothesis.

(It’s like writing the ‘specific aims’ of your research in the grant proposal. If you want I can provide my previous writing for your reference, but keep in mind that it’s C. elegans research so the research approach will be totally different.)

As in our talk I said, it'll be beneficial for me to understand your project and also good for you to practice writing your own paper & thesis. Just take your time, sit down and organize your thoughts, and think it as writing a term paper or your own review paper about your project.

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일주일 뒤 보내놓은걸 읽고 나서.

2. Now I briefly looked into your attachments. I do not intend any insult, but I cannot say this writing as “introduction of your work with your hypothesis.”

It should have a logic flow; starting from general idea, and going further specifics of your interest, and introducing your target, and what is known about your target in those ‘specifics,’ and what is unknown, and then followed by your own hypothesis, with your idea of how to test/prove it. 

Frankly speaking, your writing seems to be just a list of what you read in papers. This is nothing more than saying “I read a lot of papers.”

You are in the upmost intelligent class of academia; pursuing for Ph.D. degree. That means you should start to make your own logic in what you’re studying. (It’s Doctor of “Philosophy,” you know. 😉 )

Sorry for the harsh sentences but you have lots of rooms to be improved. So keep going and think a lot. 
And I’ll upload my own writing on Monday. Have a good weekend.  

...어쩐지 교수님이 얘랑 개인미팅만 했다 하면 짜증을 많이 내시더라니...-_-;;;

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3. I’ve thought about providing my writing sample; this wouldn’t be my best writing, but it’s showing my level of writings (not good though) in a similar grad school years as yours, so I think you’d better refer to this one. 

This is a full version of research proposal in grad school. I don’t expect this length from you so please don’t be overwhelmed.

...이러고서 나는 내 15페이지짜리 full PhD research proposal as a qualifyer를 보내 주었다. (너무 기죽였나...)

결국, 그 학생은 한 달쯤 뒤 이 랩에서 짤리고 이전 연구교수 임용된 곳으로 따라갔다는 이야기(...)

이래저래 브릭 연재글 쓰는 와중에 이제 와서 느낀 점인데, 지금의 내가 가장 잘 할 줄 아는 것은 업무상 편리한 작업 도구 (또는 프로그램) 를 찾아내어 다른 이들에게 소개하고 사용법을 가르쳐 주는 것이 아닐까 싶다. 

석사과정 때는 그냥 처음 써보는 실험방법이나 문서작성법 등을 배우기 급급해서 별게 없었던 것 같다. 다만 이때부터 SPSS를 처음 배워보거나 노트북을 사용한 문서 작성에 재미를 붙이거나 하는 등의 기반 다지기 시절이었던 것 같다.

박사과정 때도 그런게 잘 드러나진 않았다. 다만 교수가 biased random walk에 꽂혀서 모든 결과를 그 관점에서 보는 바람에 논문 연속 리젝만 열 번 가까이 먹었는데, 결국 게재승인된 논문에는 내가 졸업논문에 진화론에 빗대어 쓴 개념 설명을 (random vs determination 사이의 상호관계 등) 상당 부분 차용했다. (그래서 거기 내 데이터 별로 없어도 코퍼스트 넣어줬겠지...) 

포닥1 때는 랩원들이 다들 적절한 그래프 디스플레이 방법이 없어서 헤메고 있었을 때 내가 GraphPad Prism을 써보기를 제안했고, 그래프 때문에 고생하던 학생의 문제가 싹 사라졌다. 써보면 쓰기 쉬우니깐. 그리고 R 배울 것을 추천해서 그 학생은 R을 제대로 학교 수업에서 배웠다. 결국 우수한 학생으로 크고 있는 것 같다.

연구교수 때는 내가 제안한 것들 중에 카카오 아지트가 채택되어 시험적으로 운용되었다. 그때까지 이메일로만 오갔던 학생-교수 사이의 디스커젼이 온라인 상에서 거의 실시간으로 이루어지는 것을 보았다. 말하자면 실험실 운용의 사이버 인프라를 제공했던 셈이었다.

현재 다시 포닥2 오면서는 원드라이브와 오피스365를 추천했다. 논문 작성하면서 실시간으로 교수의 피칠갑(...)이 시작되었고, 논문 필진 중 학생 한 명은 라이팅에 실질적으로 많은 도움이 되었다고 했다. 그 학생에게는 멘델레이 사용법도 살짝 가르쳐 주었는데, 이전까지의 매뉴얼 타이핑에 비해 엄청 쉽다며 신나게 써먹고 있다.

...이런 사실로 미루어, 내가 갈만한 다음 직장은 어떤게 좋을까. (충분한 연봉과, 안정성과 성장성이 있어야 한다.) 연구성과(=논문)에 관계 없이 갈만한 좋은 곳이 있을까?

과학적 방법론에 입각한 연구계획 수립하기

대학원에 입학해서 많은 경우 선배나 포닥이 하는 실험 중 일부를 받아다가 그게 뭐하는 건지도 모르고 실험 방법만을 배워서 진행하곤 한다. 하지만 그러면 랩미팅 시간에 대뜸 '그래서 그 실험은 뭣땜에 and/or 뭘 보려고 한건데?'라는 질문에 대답 못하는 경우가 생긴다.

가장 우선적으로, '내가 이렇게 실험을 많이 했다' 하는 것을 보여주기 이전에, 그 많은 실험들을 왜 하는가에 대한 고찰이 필요하리라고 생각한다. 예를 들어서 다음과 같은 사고 과정을 단계 단계별로 진행해 보면 될 것이다. 다만 이러한 과정이 절대적인 것은 아니며, 나름의 과학적 방법론에 입각해서 체계적으로 설득력 있는 가설-검증 과정을 수행할 수 있을 경우 다른 방법을 따르는 것도 좋다.

0. Background

가장 최우선 과제는, 그 주제를 다루는 논문을 많이 읽어서 내용 및 트렌드를 파악해야 한다는 것이다.

전통적으로는 미국 NIH의 PubMed 데이터베이스에서 논문 검색을 해서 찾는 방법이 있고, 요즘 들어서는 구글 학술검색도 많이 좋아져서 검색된 특정 논문의 피인용 숫자 및 그 논문을 인용한 다른 논문들의 목록까지도 보여주고 있기에 유용하다. 개인적으로는 PubMed 검색과 구글 학술검색을 병행하는 편이며, 특히 PubMed Central (PMC) 데이터베이스로 검색되는 논문들은 오픈액세스 라이센스라서 소속 기관이 특정 저널과 계약관계가 없어도 무료로 볼 수 있는 논문들이라, 찾는 논문들이 여기서 검색되면 제일 편리하다. (브릭에서 전체 읽기)

지난 글에서는 논문 작성의 필수품인 마이크로소프트 오피스의 구독형 버전인 MS Office365를 교육기관 소속이면 무료로 사용할 수 있다는 점에 대해 알아보았다. (참조: 신경 쓰이는 작업도구(1): 원생 및 포닥의 MS Office 365) 이번 글에서는 MS Word를 사용해서 논문을 작성할 때 매우 편리하게 사용할 수 있는 보조 프로그램을 소개하고자 한다.

논문 쓸 때 레퍼런스 정리는 어떻게들 할까? 학교 계약을 통해서 교내에서 유료 서지관리 프로그램인 EndNote를 설치해서 쓸 수 있으면 다행이다. 다만 학교마다 서로 다른 곳들과 계약이 되어 있기 때문에 어디서는 Refworks 어디서는 EndNote 대략 이런 식으로 따로따로 쓰고 있다. 여기서 필자가 소개하고자 하는 프로그램은, 어디서나 누구나 무료로 사용 가능한 멘델레이(Mendeley)라는 프로그램이다. 멘델레이는 2013년에 소위 ‘출판 공룡’이라 불리는 엘제비어(Elsevier)에 인수되어 현재에 이르고 있고, 비교적 넉넉한 2GB의 온라인 PDF 저장 공간을 제공하고 있다. 대체로 클라우드 중심의 인터페이스로 운영되고 있기에 여러 기기에서 동기화를 하기가 용이한 편이다. (PC버전 한정. 예를 들어 안드로이드 버전은 필자가 느끼기에 아직 완성도가 덜한 것 같다. SD카드 저장 선택 옵션도 있다고는 하지만 실제로는 잘 되지 않는다.) (전체 읽기 클릭)

흥미로운 생물학 연구 관련 포스팅들도 재미있었지만, 지난 번 포스팅의 반응을 보니 그 이외의 관련 주제들에 대해서도 다루어 보는 것이 어떨까 해서 당분간 주제의 방향을 좀 “(연구자 한정) 생활 밀착형”에 가깝게 살짝 바꿔 보고자 한다. 관련하여 독자 여러분의 많은 의견 부탁한다.

무릇 인간은 ‘도구를 쓰는 동물’이라고 하였다. (Homo Faber – by 앙리 베르그손) 그렇다면 대학원생 또는 포스닥 연구원으로서 파이펫 빼고 우리가 가장 많이 사용하는 도구는 무엇일까? 바로 컴퓨터일 것이다. 그 중 우리가 이미징 분석이나 시퀀싱 결과 등의 분석이나 계산 작업을 빼고서 가장 많이 사용하는 용도는 무엇일까? 문서 작성 및 발표자료 준비가 아닐까 생각한다. 그러면 전 세계적으로 이러한 목적으로 사용하는 프로그램은 무엇을 가장 많이 사용할까? 바로 마이크로소프트의 오피스 프로그램일 것이다. 물론 토종 오피스인 한컴오피스 아래한글이 국내에서는 30퍼센트 정도 점유하고 있지만, 그것 역시 공공기관에서의 강제적인 사용 때문이라 우리 같은 파이펫쟁이들은 대부분 MS Office의 지배 하에 있다고 해도 과언이 아닐 것이다.

특히 MS Office 365의 경우 클라우드 싱크를 강조한 제품인데, 정기구독 개념으로 구매를 하게 되어 현재 시세로 대략 1년에 9만원~12만원 정도의 요금을 내게 된다. 하지만, 마이크로소프트는 “아직도 배가 고픈” 것인지, 예비 사용자들을 대상으로 일찍부터 점유율을 올려 놓고서 이후의 유료 사용자를 늘리기 위한 일환으로 (일단 필자의 생각이다.) 학생 및 교직원(교사 포닥 연구원 교수 포함)들에게 무료로 배포중이다. (전체 읽기 클릭)

오늘은 지금까지의 바이오 뉴스 소개하는 글과는 좀 다른 성격의 이야기를 해보고자 한다. 바로 명절날 친척 모임에서 “너 박사 졸업하고 나면 or 포닥 하고 나면 이제 뭐할건데?”에서 뭐할건데(…)를 맡고 있는 바이오 PhD의 진로에 대한 이야기다.

지금까지 살아온 여정을 되돌아보고 있노라면, 그리 성공적인 인생을 살아오지 못한 데 대한 아쉬움이 크다. 처음 이 분야에 대한 공부를 시작하겠다는 결심부터 그저 고3때 뭔가 미래가 있어 보인다는 다소 가벼운 마음으로 심각한 고민 없이 결정했던 것이 아닐까. 이왕 지금까지 저질러 왔던 것이 있으니 처음 전공을 정하던 시절로 되돌아갈 수도 없고 해서, 지금 시점에서 내가 나아갈 만한 진로에는 뭐가 있는지에 대해 여러 가지 옵션들을 알아보고자 한다. 예상보다 많은 길이 있었으나, 뭐든 쉽지는 않고 충분한 준비가 필요한 것 같다. 일단 지금까지 내가 알아봤던 진로들에 대해 간단히 정리해서 적어 보고자 한다. 이밖에도 여러 가지 진로가 있을 수 있으니 내가 놓친 부분이 있다면 독자 여러분께서 덧붙여 주시면 감사하겠다. 아무래도 직접보다는 간접 경험이 많아 틀린 부분에 대한 지적도 해주시면 감사하겠다.
 
1. 전형적인 길 (1): 아카데믹 테뉴어 트랙

말할 것도 없이 대부분의 대학원생들이 이미 알고 있는 길이다. 학부-석사-박사-포닥-연구교수-조교수-부교수-정교수로 일직선의 엘리트 코스. 문제는 이런 길을 갈 수 있는 사람은 전체의 1% 될까 말까 하다는 점이다. 굳이 이 길을 가고자 한다면, 현재의 내 연구능력이나 위치로 따져볼 때 나랑 같은 건물에서 맨날 마주치는 같은 과 대학원생들 선후배 포함해서 한 트럭 가득 데려다 놔도 내가 그들보다 낫다는 확신이 서야 한다.

장점: 가장 전형적인 진로이며, 옆길로 새지 않고 한길만 파는 진로의 정점이랄 수 있겠다.

단점: 절대 다수가 나이 많은 비정규직 연구교수 또는 포닥으로 늙어간다. 필자는 현재 여기 엮여 있는데, 탈출을 위해 버둥거리는 중이다. (전체 읽기 클릭)

(흥미로운 주제의 뉴스를 발견했는데, 최근 열린 미국 생리학회에서 발표된 포스터 하나를 요약한 뉴스들만 있고 해당 연구에 대해 출판된 논문은 없기에 그냥 그 뉴스를 번역해 보았다. 내 나름의 언어로 요약-정리한 것이 아니라 영어 원본을 그대로 한국어로 옮긴 것이기 때문에 문체는 좀 딱딱할 수 있다.)

요약:  마늘에는 황화알릴 성분이 있어서 이를 섭취하면 장내 필수 박테리아를 복원시킴으로써 기억 및 인지능력을 증진시켜 준다.

(출처: 미국 생리학회의 2019년 실험생물학 학술대회)

최근의 실험용 생쥐를 이용한 연구 결과에 의하면, 노화로 인한 장내 미생물균총 변화가 기억력 감퇴와 연관되어 있는데, 마늘을 섭취할 경우 이를 되돌릴 수 있다고 한다. 이러한 유익한 효과는 건강에 좋다고 알려져 있는 마늘에 포함된 황화알릴이라는 성분에 의한 것이다.

(전체 읽기 클릭)

-“문화”는 인류만의 독점적 전유물이 아니다.

“문화”의 정의를 “특정 그룹에서 사회적 행동의 학습으로 인해 집단적으로 나타나는 관습적 행동 (웹스터 사전)” 또는 “(자연 상태에서 벗어나 일정한 목적 또는 생활 이상을 실현하고자) 사회 구성원에 의하여 습득, 공유, 전달되는 행동 양식이나 생활 양식의 과정 및 그 과정에서 이룩하여 낸 물질적ㆍ정신적 소득을 통틀어 이르는 말 (표준국어대사전)”이라고 정의할 경우, 문화는 인간 뿐 아니라 원숭이나 고래, 또는 앵무새 같은 다른 동물들에게도 나타나는 집단적 현상이라고 할 수 있다.

다만, 지금까지의 지식으로라면 설령 그렇다 하더라도 이러한 문화를 갖는 동물들에게는 고도의 지적 능력이 있어야 할 것으로 생각되었으나, 최근 문화의 근간을 이루는 집단 학습 및 모방 행동이 초파리와 같은 곤충들에게서도 발견되었다. (계속 읽기)

[이 글은 필자가 브릭에 연재 중인 글 중 앞부분 일부만을 올린 것이다. 전체 글을 읽고자 하면 다음 링크를 방문하기 바란다. (링크 클릭)]